全自動水質采樣器在控制系統的控制下(可按照需求設置不同的采樣程序)，水樣經過蠕動泵按設定程序定時定量采入指定的采樣瓶中，并完成恒溫冷藏(通常可設為4℃)，從而完成水樣的自動采集、自動分配以及恒溫保存過程，以供實驗分析使用。
全自動水質采樣器可以根據水樣采樣要求實現多種采樣方式比如定量采樣、定時定量采樣、定時流量比例采樣、定流定量采樣和遠程控制采樣，以及多種裝瓶方式比如單瓶混裝、單瓶單裝。該儀器為對江、河、湖泊、企業排放水等實現科學監測的采樣工具，采樣中涉及與排污量相關的采樣方法則可配置上超聲波明渠流量計。
在采樣器使用過程中應注意以下幾點：
1、采樣器在每次采樣工作前，應仔細檢查采樣管及蠕動管是否有破損，如有破損現象應及時進行更換，防止被采集的水樣發生泄漏，在采樣器停止運轉之前，建議抽吸清水,對整個采樣系統進行清洗。
2、采樣器中的采樣管及蠕動管可耐適度的酸堿水樣，但是不耐有機溶劑。使用前可以用一小段管子浸泡在所需采集的水樣中進行耐腐蝕測試，以免使用時管子受腐蝕破裂導致液體滲出腐蝕泵頭和流入泵體內損壞機器以及破壞環境。
3、經常檢查蠕動管受擠壓部位，定期按照使用壽命進行蠕動管的更換，防止膠管老化破損，避免液體流入泵體內，損壞電機及電路。為了延長儀器的使用壽命，經常更換硅膠管被擠壓的部位，長期不用時應把硅膠管取出。蠕動管為損耗件，建議可適量備幾根。
4、由于滾輪是滾動磨擦，需保持滾槽內清潔，尤其要將滾輪和中心花欄軸套擦拭干凈，防止滾輪打滑，無需對其進行添加潤滑油潤滑。
5、全自動水質采樣器所使用的蠕動管，為特制的硅膠高彈性軟管，在使用過程中，切勿用其他管子進行代替使用，以免對儀器和蠕動泵造成不可逆的損壞。
